倪申文 | 抗体专利审查：以CDR序列定义权力要求范畴的深度思虑

2022年*月21日-2*日，由知产前沿新媒体举办的“第七届中国医药常识产权峰会圆满完毕”在苏州召开，本次大会吸引了线上与线下近800位医药IP人士参与，现场交换互动强烈热闹。

在2*日的大会上，锦天城律师事务所律师、专利代办署理师倪申文为本次大会带来“抗体专利审查：以CDR序列定义权力要求范畴的深度思虑”的相关概念分享。

知产前沿现将倪律师的现场主题发言内容整理成文，供医药常识产权从业人员参考进修。

如需购置第七届中国医药常识产权峰会曲播回忆，请后台私信“CPIPS 2022”

目录

一、CDR是若何确定的?

二、差别的CDR定义计划及其比照

三、权力要求明白CDR定义计划

四、单一的CDR定义计划的思虑

五、枚举“所有”定义计划的CDR序列？

六、CDR序列的开放式vs封锁式限制

七、给定可变区的CDR序列确定

八、编号计划vs定义计划？

一、CDR是若何确定的?

1**0年，Kabat将**个轻链序列停止比对，阐发每个氨基酸编号位置的变革率，识别出*个高变区，称之为互补决定区（Complementarity Determining Regions,CDRs)，1***年，第一个Fab片段的X射线晶体构造解析出来，显示那些高变区大致上对应于Fab构造上的环（loops）。1***年，Kabat为免疫球卵白可变区提出一种尺度化的编号规则（Kabat Numbering）并以固定的编号定义了CDR（Kabat Definition）。1*86，Chothia提出Chothia Numbering和CDR的Chothia Definition计划，后续其他计划如IMGT,AbM,Contact等陆续提出。

但是那些计划都是预测性的计划，与现实解析出来的卵白量的晶体构造计划其实不完全吻合。所有的CDR无论是以什么样的体例去定义，都是理论预测，并不是现实连系位置。下图红色部门是定义得到的，针对轻链和重链有两种差别的定义体例，能够看到定义出来的计划和实在存在的环是有不同的，对重链Chothia定义也仅仅是和现实愈加吻合，因为其自己操纵了已经解析出来的晶体构造来预测其CDR，数据越多，成果也相对更准确一些，但是没有任何一种能够完美婚配实在构造。

二、差别的CDR定义计划及其比照

以五种差别CDR体例为例，枚举轻链的*个CDR和重链的*个CDR上的序列不同。能够看到轻链大范畴是不异的，重链第二个CDR上，差别的定义体例定义出的CDR没有一个是完全不异的，那就招致重链CDR的定义的极度异量性。

以Keytruda®VH为例，能够看到在以差别的定义体例定义重链的*个CDR时，各个CDR之间重合的部门现实上是比力少的，第一个CDR仅有两个是共享的，第二个有6个共享，其他均不不异，第三个CDR可能略微多一些。

三、权力要求明白CDR定义计划

在撰写抗体权力要求时，我们凡是会做出如下表述体例的撰写：抗XX抗原的抗体或其抗原连系片段，包罗轻链可变区和重链可变区，所述轻链可变区包罗xxCDR，所述重链可变区包罗xxCDR，再去定义每个CDR的序列是什么。如许的撰写未明白CDR定义体例，通过什么样的定义体例来得出是未知的，也仅利用了单一的CDR定义体例，而且接纳封锁式的CDR序列体例来表达。

权力要求能否必需给出CDR定义计划呢？针对那个问题有两种概念：一方认为能够不给出CDR定义计划，在按照现有可用的CDR定义计划之一确实能够得到与权力要求中的一套CDR完全不异的CDR组合前提下，CDR基于可变区来确定，关于给定的可变区序列，差别预测办法能够别离独一地确定其CDR，由申明书及现有手艺能够确定权力要求中的CDR是以何种定义计划来定义的。但是那种情况下若是接纳任何一种计划都没法子得到和已有权力要求中列举的一个CDR不异的组合，就很可能遭到量疑。另一种概念认为应当给出CDR定义计划，其理由是贫乏CDR定义计划时权力要求不清晰，申明书固然能够解释权力要求，但不克不及用来定义权力要求，也贫乏确定的侵权比敌手段，无法确定能否落入权力要求庇护范畴，如解释为不限CDR定义计划，则无法得到申明书撑持。

相对来看，第一种愈加合理。通过以创造名称里有抗体，权力要求里有CDR的检索体例来查找中国现有的专利共计44**项，再进一步限制在独立权力要求里同时用了CDR和至少一种CDR定义体例，发现只要22*项，占比约*%，再限制受权专利的话，就仅有**项了。能够看到无论是专利申请仍是受权专利，仅十分小的比例（*%）在独权中限制CDR的定义计划，能否包罗CDR定义计划似乎完全不影响专利局的审查决定，专利局在受权时也不要求明白CDR定义计划。

四、单一的CDR定义计划的思虑

若是把一个定义计划定义在权力要求里时，如许的单一CDR定义计划意味着在和可能侵权的序列比对时，只能通过那一个单一CDR定义计划去比对，因为其实不能从一个定义计划推导至另必然义计划。以Kabat定义计划为例，意味着若是以Kabat定义计划定义时，那么CDR中的任何一个氨基酸改动就能够饶过Kabat定义计划，而现实上可能会落入其他定义计划。此外长CDR序列很可能招致庇护范畴缩小，例如Kabat VH CDR2。但是那其实不意味着接纳最短的Chothia定义计划时庇护范畴范畴就更大，因为CDR定义计划是预测计划，不是实在世界，在没有晶体衍射等数据的情况下，无法晓得哪个残基是核心残基，最短的CDR纷歧定就包罗核心残基，通过晶体衍射察看到核心残基时，选择包罗该残基的最短定义体例可能是一种适宜的选择。

五、枚举“所有”定义计划的CDR序列？

枚举所有定义计划的CDR序列是一个选择，考虑人源化过程中取CDR并集的撑持性问题，如许也能够列出良多定义计划的组合，差别定义计划界定出的庇护范畴差别，就能够供给可供选择的多种比照体例，可以显著增加躲避侵权的难度。但是也会产生良多问题，CDR定义体例是不竭更新的，若是后续有新的CDR定义体例，那么可能笼盖新的定义计划。

如斯把可变区的序列枚举出来，陈说申明所要庇护的抗体CDR和已经做出来的抗体的CDR是一样的，表白序列是以何种体例定义。如许的定义计划不限详细定义计划，能够是多项定义计划，也能够笼盖将来CDR定义计划，同样撑持申明书自定义CDR计划，如许的计划CDR来源于创造抗体但范畴又不限于创造抗体。

六、CDR序列的开放式vs封锁式限制

那要分红两种情况来看：（1）若是在权力要求里限制了定义计划，开放式表述得不到撑持，因为详细定义计划限制出的CDR序列残基数量固定，不会在两头加残基，此时封锁式表述是准确的表达体例。（2）若是未限制定义计划，开放式表述使得无法独一地确认详细的定义计划，例如Chothia重链CDR定义被完好包罗在IMGT，此时就无法确定序列是由哪种计划定义，此时封锁式表述能够独一地确认详细的定义计划。

七、给定可变区的CDR序列确定

以（申请日200*.2.1*；决定日201*.11.10）的某复审案例为例，给出轻链可变区序列能否能够独一确定CDR区？能够独一确定的理由是必需要限制定义计划，但若是未限制详细的CDR定义计划，则不克不及独一地确定该CDR组合（但本案决定看似不是基于此做出）。其决定理由种认为现有手艺公开确定CDR的多种原则，无法预见关于详细的创造应该采纳哪些原则，从而也无法间接、毫无疑义地认定CDR区，现实上是对CDR确定的曲解。

八、编号计划vs定义计划？

已有的受权案例中良多都对编号计划和定义计划的性量有所曲解。例如下列两个案例：

受权案例1——

权力要求1.可以与人法式性灭亡配体1(PD-L1)连系的别离的抗体分子，其包罗：重链可变区(VH)和轻链可变区(VL)，基于Kabat编号系统，所述重链可变区包罗SEQIDNO:1的VH互补决定区(CDR)1氨基酸序列；SEQIDNO:2的VHCDR2氨基酸序列；和SEQIDNO:*的VHCDR*氨基酸序列；所述轻链可变区包罗SEQIDNO:*的VLCDR1氨基酸序列、SEQIDNO:10的VLCDR2氨基酸序列和SEQIDNO:11的VLCDR*氨基酸序列。

受权案例2——

权力要求1.一种抗-pSer41*tau抗体，包罗：(A)可变重(VH)构造域，其包罗：由SEQIDNO:86的氨基酸序列构成的vhCDR1；由SEQIDNO:11*的氨基酸序列构成的vhCDR2；和由SEQIDNO:88的氨基酸序列构成的vhCDR*；和(B)可变轻(VL)构造域，其包罗：由SEQIDNO:*1…的氨基酸序列构成的vlCDR1；由SEQIDNO:82的氨基酸序列构成的vlCDR2；和由SEQIDNO:8*的氨基酸序列构成的vlCDR*；此中CDR序列按照Kabat编号系统定义。

编号计划是对特定的氨基酸可变区有差别的编号体例，Chothia、Kabat、IMGT等别离具有本身的编号系统，针对一段序列中的特定氨基酸残基，其在差别编号系统中的号码经常纷歧致，那是因为差别编号系统的编号办法纷歧致形成的。但是，CDR定义计划不随编号办法的变革而变革，针对差别编号办法编号的一段序列，给定的CDR定义计划能够识别出不异的一段序列残基做为CDR。

再以Keytruda® VH为例，选定CDR的Kabat定义计划，以差别的编号系统对序列编号时，能够发现CDR的序列是不会改动的。

编号仅仅是编号氨基酸的位置，所以当用轻链或者重链定义CDR时，能够表白CDR是在轻链或重链的哪一号位，好比CDR-L1：SEQ ID NO：1*0的残基24-*4位、CDR-L2：SEQ ID NO：1*0的残基*0-*6等，因为差别的位置限制出的CDR是纷歧样的，此时定义编号计划时才气让对方领会定义的是哪个氨基酸残基。别的面临位置的突变，接纳如受权案例2中此中所述代替的FR氨基酸残基按照Kabat编号为Ser*1Phe代替的体例能够定义位置。

做者：倪申文

编纂：Sharon